Początki Naszej Szkoły sięgają roku 1969 kiedy to dzięki inicjatywie rodziców i staraniom Wydziału Oświaty powstała pierwsza w województwie placówka obejmująca edukacją dzieci z niepełnosprawnością intelektualną w stopniu umiarkowanym i znacznym tak zwana „Szkoła Życia” będąca filią Szkoły Podstawowej nr 17 w Białymstoku. Siedziba szkoły mieściła się na ulicy Sitarskiej 25 i obejmowała opieką 33 wychowanków uczących się w dwóch oddziałach. Tego samego roku w październiku powstają także oddziały szkoły przy Państwowym Domu Pomocy Społecznej mieszczącym się przy ulicy Armii Radzieckiej dzisiejszej Baranowickiej 203 stanowiące drugą filię SP nr 17.
We wrześniu roku 1975 z klas mieszczących się przy ulicy Sitarskiej 25 oraz z klas funkcjonujących przy Państwowym Domu Pomocy Społecznej utworzono odrębną placówkę – Szkołę Podstawową nr 35 Specjalną dla dzieci niepełnosprawnych w stopniu umiarkowanym i znacznym. Pierwszym dyrektorem szkoły zostaje mgr Zofia Ciupa. Zajęcia prowadzone były w trudnych warunkach lokalowych, pomieszczenia nieprzystosowane do potrzeb osób niepełnosprawnych, brakowało sprzętu, pomocy naukowych.
Dzięki inicjatywie rodziców, grona nauczycielskiego i dyrektorki pani Aliny Radomskiej z dniem 1 września 1984 szkoła została przeniesiona na ulicę Krakowską 19. Na otwarcie placówki przybyły władze wojewódzkie i miejskie Białegostoku, przedstawiciele Ministerstwa Oświaty i Wychowania oraz telewizja. Od tej chwili rozpoczął się rozwój placówki, której głównym celem było możliwie jak najpełniejsze przygotowanie dzieci do życia w społeczeństwie. Budynek, w którym wcześniej funkcjonowało przedszkole przeszedł generalny remont i szkoła otrzymała lepsze warunki do pracy- klasy, pracownie, świetlicę, ogród - stwarzające możliwość prowadzenia działalności dydaktyczno-wychowawczej w pełniejszym zakresie. Szkoła w tym okresie intensywnie rozwija się. Odbywa się wiele zajęć, imprez i wyjazdów.
W roku 1985 została oficjalnie zarejestrowana szkolna drużyna harcerska „Nieprzetartego szlaku”. Uczniowie zdobywają wiele nagród w konkursach muzycznych, plastycznych, medali na zawodach sportowych. Zawiązuje swoją działalność grupa teatralna. Przez szereg lat ma ona luźny charakter, a zespół jest powoływany do wystawiania konkretnych inscenizacji. Od roku 2002 w Zespole Szkół nr 12 zostaje utworzona formalna grupa teatralna pod nazwą „RADOŚĆ”- trzon jej tworzą wychowankowie – aktualnie uczniowie klasy VI SP i II G.
W budynku szkoły od roku 1985 mieściło się też jedno z pierwszych w Białymstoku Przedszkoli Specjalnych, które z czasem musiało zawiesić swoją działalność, z powodu niskiej frekwencji dzieci niepełnosprawnych. W tym czasie zaczynają one trafiać do placówek integracyjnych.
W roku 2000 zgodnie z wcześniejszymi zmianami w systemie oświaty szkoła otrzymuje nowe nazewnictwo i powstaje Zespół Szkół nr 12 w Białymstoku w skład którego wchodzi dotychczasowa Szkoła Podstawowa nr 35 i Publiczne Gimnazjum nr 26. Kadra pedagogiczna rozrasta się a nauczyciele szkoły stale podnoszą własne kwalifikacje poszukując nowych rozwiązań w pracy z dziećmi specjalnej troski. Zdobywają kolejne stopnie awansu zawodowego: nauczyciela stażysty, kontraktowego, mianowanego, dyplomowanego.
Od roku 2000 zaczynają funkcjonować pierwsze oddziały szkoły obejmujące edukacją dzieci i młodzież z głęboką niepełnosprawnością intelektualną początkowo przy Domu Pomocy Społecznej przy ul. Baranowickiej 203, a od 2002 przy filii DPS w Bobrowej Dolinie.
W 2005 powstają dwa zespoły rewalidacyjno-wychowawcze w siedzibie Zespołu Szkół nr 12 przy ul. Krakowskiej dla dzieci i młodzieży z głęboką niepełnosprawnością intelektualną.
W roku 2003 rozpoczął się gruntowny remont placówki. Przebudowano korytarz i szatnię, zmieniono podłogi, wymieniono okna. Dobudowano też część budynku, w której mieszczą się pracownie- komputerowa, logopedyczna i EEG Biofeedback, sekretariat, łazienka i co najważniejsze winda pozwalająca na swobodne przemieszczanie się po szkole dzieci na wózkach.
W roku 2008 następuje dalszy rozwój placówki: remont kuchni , odnawianie klas i pracowni oraz wyposażenie klas i świetlicy szkolnej w nowe meble. Powstają koła zainteresowań między innymi: koło przyrodnicze, teatralne. Prowadzone są zajęcia terapeutyczne takie jak: gimnastyka korekcyjna, integracja sensoryczna, stymulacja polisensoryczna, zajęcia z komputerem, terapia EEG Biofeetback, logopedia i komunikacja alternatywna.
W roku 2017 Zespół Szkół Nr 12 został przekształcony w Zespół Placówek Szkolno-Wychowawczych w skład, którego wchodzą: Szkoła Podstawowa Nr 35 oraz Ośrodek Rewalidacyjno - Wychowawczy.
Historia „Naszej Szkoły” to 40 lat tradycji, to miejsce, w którym nasi podopieczni otoczeni są przyjazną domową atmosferą, to miejsce gdzie mogą się rozwijać i rehabilitować.
Dyrektorzy szkoły:
- mgr Zofia Ciupa
- mgr Danuta Paprocka
- mgr Alina Radomska
- mgr Mariusz Zdańkowski - 1985 - 1992
- mgr Helena Regucka - 1992-2003
- mgr Ewa Jarmołajew - 2003-2008
- mgr Elżbieta Pszczoła - 2008 - 2017
- mgr Dorota Rodziewicz - 2017 - 2022
- mgr Anna Małgorzata Samborska - od 2022
